Proyek peternakan dimulai dengan memisahkan aliran yang berbeda dan menentukan tujuan bagi setiap hasil pengolahan. Kotoran atau slurry, air pencucian kandang, dan air limbah domestik dapat memiliki kadar padatan serta beban organik yang sangat berbeda sehingga tidak selalu tepat dimasukkan ke satu unit.
Penyaringan, pemisahan pasir, ekualisasi, dan pemisahan padat–cair menstabilkan umpan.
CSTR dapat digunakan untuk slurry berkadar padatan lebih tinggi yang masih dapat dipompa, sedangkan USR, UASB, atau konfigurasi anaerobik lain dipilih untuk karakteristik umpan yang berbeda. Jalur gas kemudian menangani kondensat dan hidrogen sulfida sesuai kebutuhan sebelum penyimpanan, flare, boiler, pembangkit listrik, atau pemurnian; air limbah dan digestat memperoleh jalur pengolahan lanjutan serta pemanfaatan yang terpisah.